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中南大学肿瘤研究所李桂源、熊炜教授团队解析鼻咽癌中EB病毒变异谱
2017-06-28 08:33 涂超峰  审核人:   (已浏览:)

近日,中南大学肿瘤研究所李桂源、熊炜教授团队通过“捕获-测序”策略分析鼻咽癌组织中EB病毒(Epstein-Barr viruses, EBV)基因组变异规律。相关论文“Genome-wide analysis of eighteen Epstein-Barr viruses isolated from primary nasopharyngeal carcinoma biopsies”发表在国际知名病毒学期刊Journal of Virology上。

EBV是一种普遍存在的人类疱疹病毒,是淋巴瘤、鼻咽癌、胃癌等多种恶性肿瘤的重要致瘤病毒。然而,全世界超过90%的人曾经感染过EBV,但仅有少数人患肿瘤,而且EBV相关的肿瘤中又只有鼻咽癌表现为明显的种族和地域倾向性,鼻咽癌的发病主要集中在华南及东南亚地区,而在全世界其他地区发病率都很低,这除了与鼻咽癌患者本身遗传背景的差异以外,EBV是否也存在变异而导致它们致瘤能力的差异以及引起鼻咽癌在华南地区特异性高发?本研究中作者利用定制基因芯片从18例湖南地区采集的鼻咽癌活检组织中分离捕获了EB病毒DNA结合第二代测序技术检测和成功拼装出了这18EBV的基因组序列,分别命名为HN1-HN18;通过与EBV标准病毒株(NC007605)进行比对分析,共发现了20328个变异,包括19903个单碱基变异、88个插入突变和154个缺失突变;湖南地区EBV基因组的变异主要集中在EBV基因组95Kb100Kb区域(编码EBNA1BKRF1基因);并在编码潜伏蛋白、内膜蛋白等基因以及非编码调控区域(如miRNA等)中发现了大量具有潜在生物学意义的非同义突变。此外,进化树分析发现来自湖南地区的EBV基因组能够很好地与其他地区EBV亚型区分开,提示不同地区流行的EBV亚型之间在起源上存在地域差异。该结果不仅为湖南地区EBV相关肿瘤的研究提供了第一手的数据资料,也为进一步探讨EBV基因组变异与鼻咽癌的发病机理研究奠定了基础。

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中南大学肿瘤研究所李桂源教授和熊炜教授为本文的共同通讯作者,涂超峰博士和曾朝阳教授为该论文的并列第一作者。

论文全文链接:http://jvi.asm.org/content/early/2017/06/15/JVI.00301-17.long

 

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