一、行政办公室（3个）
综合办、业务办、学工办
二、系、所（10个）
生理学系、病理学系、病理生理学系、免疫学系、人体解剖学与神经生物学系、组织学与胚胎学系、医学微生物学系、法医学系、医学寄生虫学系、生物医学工程系
三、研究所（2个）
1.肿瘤研究所
2.生殖与干细胞工程研究所
四、基础医学实验教学中心（6个）
1.医学机能学教学实验室
2.医学形态学教学实验室
3.细胞与分子生物学实验室
4.法医学专业实验室
5.生物医学工程专业实验室
6.基础医学拔尖创新基地
